📚 PMIDBasedArticleSelector WebUI

基于PMID的智能文献筛选工具 - Web版本

English | 中文

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✨ 项目简介

PMIDBasedArticleSelector WebUI 是一个现代化的Web应用，专为科研人员设计，用于高效处理和筛选PubMed文献。通过友好的Web界面，研究者可以轻松批量获取文献信息、智能筛选高质量论文，并获得中文翻译摘要。

🎯 核心优势

• 🚀 一键启动 - 无需复杂配置，运行即用
• 🌐 Web界面 - 现代化UI，支持多用户同时使用
• ⚡ 实时反馈 - WebSocket实时显示处理进度
• 🧠 智能筛选 - 基于引用数和期刊质量的算法筛选
• 🌍 AI翻译 - 集成OpenAI，自动翻译英文摘要
• � 丰富法导出 - 生成详细的Excel报告文件

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🚀 快速开始

方式一：直接运行 (推荐)

# 1. 克隆项目
git clone https://github.com/yourusername/PMIDBasedArticleSelector.git
cd PMIDBasedArticleSelector/3.1

# 2. 一键启动 (自动安装依赖)
python run.py

方式二：Docker部署

# 使用Docker Compose
docker-compose up -d

# 或使用Docker
docker build -t pmid-selector .
docker run -p 5000:5000 pmid-selector

3. 访问应用

打开浏览器访问: http://localhost:5000

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📋 功能特性

🔍 核心功能 基础信息处理 - 批量获取PMID文献基本信息 智能筛选 - 按引用数和期刊质量筛选优质文献 扩展处理 - 获取摘要并提供AI中文翻译 批量导出 - 生成包含超链接的Excel报告

💡 技术特性 实时进度 - WebSocket实时显示处理状态 多用户支持 - 会话隔离，支持团队协作 错误恢复 - 智能重试机制，处理网络异常 响应式设计 - 适配桌面和移动设备

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📖 使用指南

1️⃣ 准备PMID文件

创建文本文件，每行一个PMID：

12345678
23456789
34567890

2️⃣ 配置API密钥

访问配置页面设置必要的API信息：

配置项	必需性	说明
PubMed Email	✅ 必需	用于PubMed API访问
PubMed API Key	✅ 必需	获取地址
翻译API Key	⭕ 可选	OpenAI API密钥，用于摘要翻译

3️⃣ 选择处理模式

• 基础信息处理 - 快速获取标题、作者、期刊等基本信息
• 智能筛选 - 基于引用数量和期刊影响因子筛选
• 扩展处理 - 包含摘要获取和AI翻译的完整处理

4️⃣ 下载结果

处理完成后，系统会生成包含以下信息的Excel文件：

• 文献基本信息 (标题、作者、期刊、发表时间)
• 引用统计 (引用次数、相对引用指数)
• 期刊质量评估 (影响因子、期刊等级)
• 中文翻译摘要 (如启用翻译功能)
• PubMed链接 (可直接点击访问)

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⚙️ 高级配置

环境变量配置

复制 .env.example 为 .env 并填写：

# 基本配置
SECRET_KEY=your-secret-key-here
FLASK_ENV=development

# PubMed API (必需)
PUBMED_EMAIL=your-email@example.com
PUBMED_API_KEY=your-pubmed-api-key

# 翻译API (可选)
TRANSLATOR_API_BASE=https://api.openai.com/v1
TRANSLATOR_API_KEY=your-openai-api-key
TRANSLATOR_MODEL=gpt-4o-mini

生产环境部署

# 设置生产环境
export FLASK_ENV=production
export SECRET_KEY=your-production-secret-key

# 使用Gunicorn部署
pip install gunicorn
gunicorn -w 4 -b 0.0.0.0:5000 run:app

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🛠️ 技术栈

类别	技术
后端框架	Flask 3.1.0 + Flask-SocketIO
前端UI	Bootstrap 5 + JavaScript
数据处理	Pandas + Biopython
AI翻译	OpenAI API
实时通信	WebSocket
部署	Docker + Gunicorn

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📊 项目结构

3.1/
├── app/                    # Flask应用
│   ├── routes/            # 路由处理
│   ├── services/          # 业务逻辑
│   ├── templates/         # HTML模板
│   └── static/            # 静态资源
├── core/                  # 核心处理模块
│   ├── base.py           # 基础信息处理
│   ├── extended.py       # 扩展信息处理
│   ├── sort.py           # 文献筛选
│   └── translator.py     # 翻译功能
├── run.py                # 应用入口
├── requirements.txt      # 依赖列表
└── README.md            # 项目文档

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🤝 贡献指南

我们欢迎任何形式的贡献！

1. Fork 本项目
2. 创建特性分支 (git checkout -b feature/AmazingFeature)
3. 提交更改 (git commit -m 'Add some AmazingFeature')
4. 推送到分支 (git push origin feature/AmazingFeature)
5. 开启 Pull Request

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📄 许可证

本项目采用 MIT 许可证

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🙏 致谢

• PubMed - 提供文献数据API
• OpenAI - 提供AI翻译服务
• Flask - Web框架支持
• Bootstrap - UI组件库

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如果这个项目对您有帮助，请给个 ⭐ Star 支持一下！

如有问题，请在GitHub上提交Issue。